אחד החלקים החשובים ביותר בחדרי מכונות הם מערכות הבקרה והחשמל החיוניות לתפקוד תקין של המערכות בחדר המכונות. אם המשאבות הן הלב של הבריכה, המסננים הם הכליות והצנרת מתפקדת ככלי דם, מערכות החשמל והבקרה הן המוח שמפעיל את המערכות בהרמוניה. המערכות שולטות בכל הרכיבים שנמצאים בחדר המכונות והן מעניקות אינדיקציה על מצב הבריכה: רמת הניקיון, רמת חומרי החיטוי ומצב המכונות. מערכת הבקרה מאפשרת ניטור של רמת הכלור, רמת חומציות המים (PH) ועכירות המים. המערכת תיתן פקודות למערכת החיטוי ותנהל את שחרור חומרי החיטוי למי בריכות השחיה על פי הצורך. בקרה ותפעול נכונים של חומרי החיטוי תוביל לרחצה נעימה ותקינה. למערכת יש גם יכולות התרעה במקרה של זיהוי חריגות או תקלות במערכות. במערכות בקרה מתקדמות, ניתן לחבר טכנולוגיות בקרה ושליטה מרחוק שיאפשרו תפעול הבריכה מהטלפון הנייד.